تربط المغرب و غينيا بيساو علاقات دينية عريقة من مذهب مالكي و ممارسةٍ للتصوف، كما يعقد مسلمو غينيا بيساو الكثير من الأمال على مساهمة المغرب في مساعدَتهم على بناء المساجد و دور العبادة إلى جانب ِتكوين الأئمة.