يأتي إحداث معهد محمد السادس لتكوين الأئمة المرشدين والمرشدات تجسيدا لحرص الملك محمد السادس على نشر إسلام متشبع بقيم الوسطية والاعتدال والتسامح والانفتاح.
وسيستقبل المعهد أئمة مغاربة وأجانب من بلدان عربية، وإفريقية وأوروبية سيتمكنون من دراسة المذهب المالكي والتعاليم الفقهية والأخلاقية التي تنبذ كل أنواع الغلو.
تكوين ديني بامتياز ثلاثي الأركان، أما الأول فالركن المؤسساتي والثاني التأطير الفعال والتربية الإسلامية السليمة ثم ثالتا التكوين العلمي الحديث المتجدد باستمرار.